La colonia fue fundada el 27 de julio de 1913 por 300 familias rusas del grupo religioso Nuevo Israel que buscaban una completa libertad religiosa que no encontraban en la Rusia zarista. Estas 300 familias llegaron junto a su líder Basilio Lubkov, a ocupar las tierras que ofrecía al gobierno el Ministro de Fomento y Agricultura José Espalter para que esta gente comenzara a instalarse y trabajar.
En 1926 la Colonia pasó a pertenecer al Banco Hipotecario del Uruguay y, posteriormente, al Instituto Nacional de Colonización. En 1953 se expropió la Estancia Farrapos de 17.428 hectáreas.
Hay varias versiones sobre el origen del nombre del pueblo, ya que en un comienzo se llamó Colonia Espalter, pero unas de ellas sostiene que a la colonia le llamaron San Javier en homenaje a un hijo fallecido de la familia Espalter a modo de agradecer la ayuda prestada a los colonos. Otra versión afirma que la zona ya era conocida como San Xavier por los establecimientos jesuitas de la zona (saladeros, estancias, etc.).
Uno de los hechos que marcó a San Javier fue el ocurrido el 16 de abril de 1984, ya que la localidad fue el centro de atención del país y con muchas repercusiones internacionales por la muerte de Vladimir Roslik, médico de la localidad que fue torturado y luego asesinado por militares uruguayos.
Distintas actividades de celebración comenzaron a realizarse ayer y continuarán hasta el domingo, donde los visitantes podrán disfrutar de los productos tradicionales rusos.